2003年（平成15年）
4月1日 - 会長に南谷昌二郎、社長に垣内剛が就任。
2004年（平成16年）
3月12日 - 独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構が保有していた株式がすべて売却され、完全民営化。
2005年（平成17年）
4月25日 - JR福知山線脱線事故。死者107名。6月19日には不通だった宝塚駅 - 尼崎駅復旧。
2006年（平成18年）
1月6日 - JR羽越本線脱線事故を受け、列車運転見合わせの風速規制値を30m/s以上から25m/s以上に強化。
1月24日 - 伯備線で保線作業中に作業員をはね3名死亡、2名軽傷。
2月1日 - 社長に山崎正夫が、倉内憲孝が会長就任前提で顧問に就任。J-WESTカードサービス開始。
2007年（平成19年）
5月18日 - JR福知山線脱線事故による引責辞任後に関連会社に転職した当時の専務ら3人と垣内剛元社長と南谷昌二郎元会長を退任させる人事案を6月の株主総会に提出すると発表。
乗客１０６人が死亡した２００５年４月のＪＲ福知山線脱線事故で、神戸地検は８日、ＪＲ西日本の山崎正夫社長（６６）を業務上過失致死傷罪で在宅起訴した。
現場が急カーブに付け替えられた１９９６年当時、山崎社長は安全対策の責任者である常務取締役鉄道本部長で、地検は「カーブの危険性を認識できたのに、経費の増大を懸念し、自動列車停止装置（ＡＴＳ）を設置しなかった」と、不作為の過失があったとした。大規模な鉄道事故で、事業者のトップが起訴されるのは異例。
2005年4月25日、JR福知山線脱線事故
2006年、取締役兼執行役員（補償交渉担当）JR福知山線脱線事故の責任を取り降格。
2007年、取締役退任、顧問就任（被害者担当）
http://rui.blog.ocn.ne.jp/7thheaven/2005/05/post_89b2.html
2005.05.04
垣内剛＆村上恒美＆上司に天罰を！ （尼崎脱線事故）
＜尼崎脱線事故＞天王寺車掌区長ら、情報得ながらボウリング ココ
上司が運転士に出勤促す＝救助指示せず、情報も放置 ココ
上司命令で仕事へ行ったにもかかわらず、社長やらには「遺憾です」っていわれる下の社員。
散々「アホかー！」とか罵ってるけど、きっと、この人たちは、救助に参加しようとは思った。かもしれない。
でも、馬鹿上司の指令は「出勤しろ」。
叩くのは、馬鹿上司にしよう。つかさー、あんな事故にあったら、普通、まともに仕事できないと思う。
たぶん、激しく動転してると思う。
それでも普通に仕事してたって、すげーよな。
ほんとすげぇ。
俺、絶対無理。
しばらく凹んでると思う。
社会人の鏡だね。
すげぇ。まあ、実際問題、彼ら２人が残って救助活動したとして、気休め程度にしかならないかもしれない。
それなら、いつも通り出勤して、電車走らせてたほうがその他の人の役に立つ。
他の運転手に、居ない分のしわ寄せないから。
乗客に迷惑かからないから。とにかく、彼らも被害者なんだよね。
「上司の言うことは絶対」みたいな教育をJRにされてるんだから。
救助したくても、できないよね・・・でもさぁ、事故ったとき、彼らはちゃんと連絡入れてるんだろ？
それを聞いた上司は、何も対応しなかったって言うのがありえない。
会社として、何をしなければいけないか、すぐに考え行動すべきだ。
ほったらかしてボーリングとか、そんな大惨事だとは思わなかったとか。
さっさと見に行けよ！！！！！
対応遅杉！それなのに、会社の、彼らに対するコメントが「遺憾です」。
なんでやねん。
彼らを非難する前に会社としての対応を改めろ。
自分らは、会議室でくっちゃべってるだけで、実際出るのは下の社員。
全てのミスを下に押しつけて、自分らはのうのうﾏﾀｰﾘですか？
ありえねー。
外逝かないから、てめーらに危害は全く及ばないよね。
あーよかったね。
生贄がいて。ニュース見てると、しょっちゅう出てくる、垣内剛社長と村上恒美・安全推進部長。
あの顔見ると激しくむかついてくる。
特に安全推進部長。
コレはどっちにも言えるが、謝り方が、口先だけで、他人事みたいでむかつく。
手を合わせに行くのが遅すぎ。
あの顔ウザスギ。
警察とか居なかったら、四肢にロープまいて、牛に轢かせるよね。
十二国記見たいに。
若しくはアイアンメイデン。
あーうぜぇー。
こんな馬鹿がいるから、あんな事が起こるんだ。
引きずりおろせ！結局、思うがままに書くと、テキスト内容が訳分からなくなってしまう罠。
とにかく、言いたいことをまとめると、出勤した２人は悪くない。
高見？運転手も悪くない。
寧ろ３人は被害者。
JRは、そんな彼らに責任を擦り付けてる。
駆除されるべきは、垣内剛＆村上恒美。
JR体質改善は早急に。以上。
【未必の故意による大量殺人容疑】JR西・垣内剛社長の刑事告発を！
えーっと、なんで事故当時の社長を起訴しないで、後釜に入って尻拭いをした人間を起訴するの？、バカ検察は。
